Rutiner rundt sekvensering og målrettet overvåkning for SARS-CoV-2

Variantscreening ved Ahus legges ned
Variantscreening for å påvise omikron-varianten ved Ahus legges ned f.o.m 12.01.22. Over 80% av prøvene har siste uken vært positive for omikron, slik at nytteverdien av analysen nå vurderes som liten. Stadig økende prøveantall inn til laboratoriet medfører at vi ikke har kapasitet til å opprettholde screeningen.

Endrede rutiner rundt utplukk av prøver til sekvensering og frysing av prøver med påvist SARS-CoV-2
Ahus har siden starten av pandemien sortert ut prøver med påvist SARS-CoV-2 for frysing og biobanking. Dette har gjort det mulig å hente opp gamle prøver for videre undersøkelse, f.eks sekvensering. Dette er en svært ressurskrevende oppgave og i møte med stadig økende prøveantall og begrenset lagringskapasitet må vi nå gå bort fra denne rutinen. Fremover vil prøver fra inneliggende pasienter og ansatte på Ahus med påvist SARS-CoV-2 plukkes ut for sekvensering og biobanking. I tillegg vil et tilfeldig utvalg av prøver plukkes ut for generell overvåking og sekvenseres enten lokalt på Ahus eller sendes til FHI for sekvensering. Andre prøver (både positive og negative) vil bli kastet fortløpende.

Dersom kommunene har behov for at enkeltprøver analyseres videre med helgenomsekvensering forutsatt positiv prøve (f.eks et mindre utvalg av prøver som tilhører uvanlig store smitteutbrudd, uvanlig/alvorlig klinikk), må prøverekvisisjonen merkes godt med «OBS: prøven ønskes sekvensert ved påvist SARS-CoV-2» samt årsak til at prøven ønskes sekvensert. Dette vil gjøre det mulig å plukke ut prøven til helgenomsekvensering.  Avhengig av kapasitet vil disse prøvene sekvenseres på Ahus eller videresendes til FHI for analyse der. Hvis behovet for sekvensering overstiger kapasiteten til laboratoriet vil et utvalg av prøvene undersøkes basert på angitte kliniske opplysninger.  Obs: sekvensering er en ressurskrevende analyse som ikke skal benyttes i rutinediagnostikken, men reserveres til tilfeller som spesifisert av FHI sine målrettede overvåkningskriterier.